Den individuellen Stärken und Schwächen wird durch die Möglichkeit von Schwerpunktsetzungen in den Wahlpflichtkursen (ab Klasse 6) und bei den Profilwahlen im Realschulbereich ab Klasse 9 Rechnung getragen.
Dafür bietet die Martinus-Oberschule vier Profilfächer an: Technik, Wirtschaft, Gesundheit und Soziales und Französisch.